Planten

De oorspronkelijke diversiteit van soorten in Messel was, net als in andere vindplaatsen, veel groter dan de fossielen die overgebleven zijn. Veel plantendelen, vooral zij die op de bosbodem vielen, werden afgebroken in het warme, vochtige klimaat voordat zij het meer konden bereiken. In sommige gebieden was de dikke moerasbegroeiing aan die van het aangrenzende ondiepe water een sterke filter. Alleen de kleine delen, zoals blaadjes, zaden, fruit en insecten kwamen in het meer terecht. Veel van de plantengroepen of soorten uit Messel zijn dus alleen bekend van pollenkorrels en sporen, die in groten getale geproduceerd werden. Vanwege hun onafbreekbare celwanden fossiliseerden ze gemakkelijk. Bijzonder is het dat relatief veel bloemen zijn gevonden. Takken met vruchten of zaden, of beide, zijn daarentegen schaars. Dat laatste geldt ook voor grotere plantaardige vondsten, zoals van grote takken, twijgen met naalden eraan en resten van kegels van coniferen.